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scmcphub 的 MCP 服务器

scmcphub 提供了一系列用于单细胞分析的 MCP 服务器。这些服务器使您能够使用自然语言与各种单细胞分析工具进行交互。您可以根据需要安装任何专门的 MCP 服务器。

  • scanpy-mcp：一个全面的 MCP 服务器，用于基本的单细胞分析操作，包括数据预处理、降维、聚类和可视化。

  • cellrank-mcp：一个专门用于细胞命运分析和轨迹推断的 MCP 服务器。它使您能够使用自然语言与 CellRank 的功能进行交互，用于分析细胞状态转换、命运概率和发育轨迹。

  • liana-mcp：一个专门用于细胞间通讯分析的 MCP 服务器。它提供了与 LIANA 方法的自然语言接口，用于从单细胞数据中推断和分析细胞间通讯。

  • decoupler-mcp：一个专注于通路和基因集分析的 MCP 服务器。它使您能够使用自然语言与 decoupler 的工具进行交互，用于单细胞数据中的通路活性推断和基因集分析。

  • infercnv-mcp：一个专注于 CNV 分析的 MCP 服务器。它使您能够使用自然语言与 infercnvpy 的工具进行交互，用于单细胞数据中的 CNV 分析。

  • scmcp：一个统一的 MCP 服务器，集成了所有单细胞分析功能。它为整个单细胞分析工作流程提供了全面的自然语言接口，从数据预处理到高级分析，将所有专门的 MCP 服务器的功能整合到一个强大的工具中。

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安装

使用 pip 安装 MCP 服务器：

pip install scmcp
pip install scanpy-mcp
pip install cellrank-mcp
pip install liana-mcp
pip install decoupler-mcp
pip install infercnv-mcp

为了更快地安装，使用 uv：

uv pip install scmcp scanpy-mcp cellrank-mcp liana-mcp decoupler-mcp infercnv-mcp

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验证安装

要验证 MCP 服务器是否正确安装，您可以在终端中运行以下命令：

# 验证 scmcp 安装
scmcp run

# 验证 scanpy-mcp 安装
scanpy-mcp run

# 验证 cellrank-mcp 安装
cellrank-mcp run

# 验证 liana-mcp 安装
liana-mcp run

# 验证 decoupler-mcp 安装
decoupler-mcp run

# 验证 infercnv-mcp 安装
infercnv-mcp run

每个命令都会启动相应的 MCP 服务器，您应该能看到表明服务器正在运行的输出。

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查找 MCP 服务器可执行文件

如果您需要在系统中定位 MCP 服务器可执行文件：

# 在 Linux/Mac 上
which scmcp
which scanpy-mcp
which cellrank-mcp
which liana-mcp
which decoupler-mcp
which infercnv-mcp

# 在 Windows (PowerShell) 上
Get-Command scmcp
Get-Command scanpy-mcp
Get-Command cellrank-mcp
Get-Command liana-mcp
Get-Command decoupler-mcp
Get-Command infercnv-mcp

# 在 Windows (命令提示符) 上
where scmcp
where scanpy-mcp
where cellrank-mcp
where liana-mcp
where decoupler-mcp
where infercnv-mcp